Футболіст перейшов в донецький клуб в липні 2010-го. У першому ж сезоні став найкращим бомбардиром команди в Лізі чемпіонів. Всього за перші 4 сезони разом з «гірниками» гравець виграв 9 трофеїв.

Після року виступів у складі «Фламенго» в 2015-му Едуардо знову повернувся в «Шахтар» і провів свій найсильніший сезон в клубі. На його рахунку - 18 голів у всіх турнірах за «гірників». Вболівальники визнали Едуардо найкращим футболістом сезону 2015/16.

Всього хорватський футболіст провів за «гірників» 173 матчі і забив 57 м'ячів, 4 рази ставав чемпіоном України, завоював 4 Кубка і 3 Суперкубка країни.